Kemasukan AirAsia dari Malaysia di kawasan asal Lion Air telah mendorong syarikat penerbangan Indonesia memasuki pasaran Malaysia dengan syarikat penerbangan subsidiari. Anak syarikat AirAsia Indonesia AirAsia, bekerjasama dengan syarikat induknya, berusaha untuk membeli syarikat penerbangan Indonesia Batavia Air untuk mendapatkan pijakan di Indonesia, tetapi kesepakatan itu tidak berhasil kerana komplikasi peraturan dan Batavia Air berakhir muflis. Kesepakatan yang dicuba itu mengakibatkan perang antara Lion Air, syarikat penerbangan tambang murah terbesar di Indonesia, dan AirAsia, syarikat penerbangan tambang rendah terbesar di Asia.

Chandran Rama Muthy, penolong eksekutif peribadi ketua pengarah Lion Air, telah dilantik sebagai CEO Malindo Air. Penerbangan sulung syarikat penerbangan itu mula beroperasi pada 22 Mac 2013.

Untuk laluan jetnya, Malindo Air menyediakan Televisyen peribadi (sistem hiburan dalam penerbangan) di setiap tempat duduk, makanan ringan dan makanan percuma, tempat duduk "402" dan "605" untuk kelas ekonomi dan kelas perniagaan masing-masing, dan elaun bagasi percuma 40 kg untuk penumpang Perniagaan dan sama ada 20kg atau 30kg untuk penumpang kelas Ekonomi bergantung pada kategori tiket mereka. Penumpang ekonomi dalam penerbangan ke Lapangan Terbang Antarabangsa Shah Amanat dan Lapangan Terbang Antarabangsa Shahjalal di Bangladesh menerima elaun bagasi 35 kg. Walau bagaimanapun, tiket kelas Ekonomi syarikat penerbangan yang paling murah tidak mendapat elaun bagasi percuma. [20]

Pada bulan Jun 2015, Malindo menjadi syarikat penerbangan Malaysia pertama yang menawarkan perkhidmatan dalam penerbangan Wi-Fi. [21]

Gabungan kemudahan, perkhidmatan dan tambang kos rendah meletakkan Malindo Air dalam kategori syarikat penerbangan hibrid.

IFE berdasarkan Panasonic eXLite dengan skrin sentuh 9 inci di kelas Ekonomi dan skrin sentuh 11.1 inci di Kelas Perniagaan, mampu memberi isyarat (menggesek, menatal). Makanan penuh disajikan di kelas Perniagaan.

Syarikat penerbangan ini juga telah berkembang pada perkhidmatan turboprop selari, yang memfokuskan terutamanya pada laluan sekunder dalam radius 2 jam dari Lapangan Terbang Sultan Abdul Aziz Shah. Destinasi perintis merangkumi Pulau Pinang, Johor Bahru dan Kota Bharu, penerbangan telah dimulakan pada awal Jun 2013.

Pada awal tahun 2017, syarikat Penerbangan ini dijangka akan menamakan semula Malindo Air menjadi "Batik Air Malaysia" yang akan memberi tumpuan kepada laluan antarabangsa sementara syarikat penerbangan bersekutu, Batik Air melayani laluan domestik di Indonesia. Syarikat penerbangan ini mula menampilkan logo dan warna Batik Air Malaysia di pesawatnya secara beransur-ansur.

Pada tahun 2016 Malindo memulakan perjanjian antara syarikat dengan Turkish Airlines,[22] dan Qatar Airways.[23]

Pada bulan April 2017, Malindo Air menerima sijil Persatuan Pengangkutan Udara Antarabangsa (IATA) sebagai anggota IATA. Syarikat penerbangan ini juga berjaya mengekalkan pendaftaran IOSA, yang sah dari 3 Jun 2018 hingga 3 Jun 2020.

Dalam siaran akhbar rasmi yang dikeluarkan oleh Malindo bertarikh 26 Ogos 2019, Kapten Mushafiz Mustafa Bakri, Pengarah Keselamatan, Keselamatan & Kualiti Thai Lion Air telah diumumkan sebagai CEO baru, menggantikan CEO sekarang yang berkuatkuasa pada 23 September 2019, sementara Chandra Rama Muthy untuk dilantik sebagai Pengarah Strategi Kumpulan, Lion Group. [24]

Pada 23 Oktober 2020, dilaporkan bahawa Malindo Air telah memutuskan untuk mengurangkan lebih separuh daripada tenaga kerjanya sebagai sebahagian daripada langkah untuk mengurangkan kesan Covid-19 pada perniagaan mereka. Dengan itu, syarikat penerbangan perkhidmatan penuh hibrid itu dikatakan telah memberhentikan kira-kira 2,200 pekerja atau lebih separuh daripada 3,200 tenaga kerjanya[25] [26].

Pada 28 April 2022, Malindo Air telah dijenamakan semula sebagai Batik Air Malaysia [27][28][29] selaras dengan matlamat Kumpulan Lion untuk mewujudkan identiti bersama bagi syarikat penerbangan perkhidmatan penuh dalam kumpulan itu.[30]. Berikutan ini, Boeing 737 MAX 8 telah diperkenalkan semula ke dalam armada[31].